Forsking viste at disse sviskadene var et resultat av kortvarig, intens påvirkning av svoveldioksid. Smelteverket i Nikel hadde i 1969 startet import av malm fra Norilsk i Sibir og denne malmen hadde et betydelig høyere svovelinnhold enn den lokale malmen – noe som førte til høyere utslipp av svoveldioksid i Nikel og områdene rundt. I tillegg kom store utslipp av tungmetaller og støv.

Nikelpipene har i mange år vært et symbol på miljøbelastningen i grenseområdet. Miljøbevegelsen, med "Stopp dødsskyene fra Nikel" i spissen, har brukt bildet av pipene for å skape oppmerksomhet i media og hos befolkningen. I en periode var nesten halvparten av befolkningen i Sør-Varanger støttemedlemmer i organisasjonen. Norges hovedmål i startfasen av det norsk-russiske miljøsamarbeidet var å utforske virkningen av utslippene og deretter arbeide for en reduksjon.

Virkningen av utslippene ble undersøkt av en av de norsk-russiske ekspertgruppene som startet sitt arbeid i 1989. Resultater av forskingen ble presentert under felles symposier i 1992 og 1994. I løpet av de årene som har gått har det framkommet en mengde informasjon om påvirking på flora og fauna. Det har blitt foretatt analyser av blant annet forandringer i artssammensetning og forekomst, dødelighet, helse og vitalitet, vekst, innhold av klorofyll, næringsstoffer og forurensingsstoffer. Stoffet er publisert i ulike faglige fora.

Kombinatet består idag av fire åpne gruver, en fabrikk for anrikning av metaller, et anlegg for produksjon av pellets ved røsting i Zapoljarny, samt et smelteverk og to svovelsyrefabrikker i Nikel. Det arbeider 10.000 mennesker ved kombinatet som produserer nikkelmatter som videreforedles i Severonikel i Monchegorsk. I tillegg produseres det svovelsyre.

Moderniseringsprosjektet er tredelt. Det omfatter bygging av et briketteringsanlegg i Zapoljarny, samt bygging av ny smelteovn og ny svovelsyrefabrikk i Nikel.

I desember 2001 ble det undertegnet en avtale mellom Miljøverndepartementet og Nordiska Investeringsbanken (NIB) om forvaltning av norsk gavebistand på inntil 270 mill. NOK til modernisering av nikkelverket i Petsjenga. Avtalen går ut på at NIB skal opptre som mellomledd mellom MD og Kola Mining and Metallurgical Company, som er en del av Norilsk Nikel-konsernet. Norsk støtte skal utbetales i takt med fremdriften i prosjektet. Det forutsettes at utslipp av SO2, støv og tungmetaller reduseres med minst 90 % i løpet av 2006. Dette vil gi en merkbar bedring av helse og miljø lokalt samt for miljøet i Finnmark. Anleggene som skal moderniseres inngår i Petsjenganikel Gruve og Metallurgisk Kombinat.

Investeringene på ca. 93.5 mill. USD finansieres med inntil 270 mill. NOK i støtte fra Norge, 30 mill. USD fra NIB, 3 mill. USD fra Sverige og resten i egenkapital. Norilsk Nikel-konsernet gjør i tillegg omfattende investeringer i gruvedrift, knusing og oppkonsentrering av malm i Zapoljarny. Dette er viktige investeringer for videre drift av nikkelverket.

Ombyggingsarbeidet startet i 2002.